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廣西大學(xué)團隊繪就全球最精密甘蔗基因組圖譜
解碼“甜蜜地圖”
立冬時分,扶綏縣渠黎鎮(zhèn)廣西大學(xué)農(nóng)科新城甘蔗示范區(qū)內(nèi),連片的青紗帳沐浴著金色暖陽,挺拔的甘蔗迎風(fēng)搖曳。
示范區(qū)里,甘蔗新品種“桂柳1541”茁壯成長。“這一品種的優(yōu)質(zhì)、高產(chǎn)等指標(biāo)都達到了預(yù)期,多虧了那張‘甜蜜地圖’。有了它,我們才能更精細(xì)精準(zhǔn)地評估品種的遺傳背景?!睆V西大學(xué)農(nóng)學(xué)院院長、甘蔗學(xué)科帶頭人張積森說。
這張“甜蜜地圖”,是張積森帶領(lǐng)團隊繪制的現(xiàn)代栽培種甘蔗“新臺糖22號”的復(fù)雜基因組結(jié)構(gòu)圖譜。該成果于今年1月發(fā)表在世界遺傳學(xué)頂級期刊《自然遺傳學(xué)》上,被學(xué)界評價為“組裝出了迄今為止最高質(zhì)量的異源同源非整倍體超復(fù)雜現(xiàn)代栽培甘蔗完整基因組”。
作為全國最大的甘蔗產(chǎn)區(qū)、蔗糖生產(chǎn)基地,廣西是保障我國食糖安全的核心陣地。“有了這張‘地圖’,我們就能更好地培育、推廣甘蔗良種,把中國的‘糖罐子’端得更穩(wěn)、更牢!”張積森的話語里滿是自豪。
這張“地圖”,有何奧秘?
張積森解釋,過去科研人員選育甘蔗品種,全靠經(jīng)驗摸索:先篩選親本雜交,再等待后代生長,觀察性狀,不僅效率低,耗時還特別長。而我國90%以上的第四代、第五代甘蔗主栽品種,均以“新臺糖22號”為親本培育而來。有了它的基因“地圖”,科研人員就能更清晰地定位抗病、抗旱、高糖等關(guān)鍵基因。
繪制這張“地圖”,曾是困擾全球科研同行數(shù)十年的難題。
甘蔗有著100多年的雜交育種歷史,是基因組最為復(fù)雜的大宗作物之一?!叭擞?6條染色體,而甘蔗有100多條,每一條上都有成千上萬個基因,解析難度很大。”張積森打了一個比方,“如果說,繪制水稻的基因圖譜,難度就像為一座小城畫地圖;那么,繪制甘蔗的基因圖譜,就像是為一座百萬人口的大城市,繪制一幅包含地下管網(wǎng)、地面交通和空中航道的3D立體地圖?!?/p>
自20世紀(jì)90年代起,巴西、法國、美國、澳大利亞等國家就已在甘蔗基因組測序領(lǐng)域展開攻關(guān)。雖然我國甘蔗全基因組研究起步較晚,但目前進展最快,張積森團隊正是其中的佼佼者。
這一成果的取得,除了憑借團隊在甘蔗基因研究領(lǐng)域的長期積累,更得益于他們在超復(fù)雜基因組高質(zhì)量組裝及組裝輔助策略上的方法學(xué)創(chuàng)新。團隊先通過頻譜分析結(jié)合細(xì)胞遺傳學(xué)證據(jù),將甘蔗高度相似的基因組區(qū)分、拆分,再分別進行高精度拼裝、錨定、定向與整合,最終繪就了這幅“甜蜜地圖”。
多年來,張積森團隊一邊在實驗室中完善圖譜,一邊同步將研究所獲應(yīng)用到育種實踐中,不僅為“桂柳1541”的育種提供了便利,更為后續(xù)培育更多優(yōu)良甘蔗新品種提供更精準(zhǔn)的科學(xué)指導(dǎo)。
如今,“桂柳1541”已在全區(qū)推廣種植,其產(chǎn)量、宿根性、蔗莖品質(zhì)等均表現(xiàn)優(yōu)異。參與該品種選育的專家盧文祥,也因此榮膺2025年“八桂楷?!薄?/p>
人工智能正為甘蔗科研注入更強動力。在廣西大學(xué)亞熱帶農(nóng)業(yè)生物資源保護與利用國家重點實驗室,研究人員介紹,今年2月該校自主研發(fā)了一套智慧農(nóng)業(yè)大語言模型平臺,整合了260多萬篇生物學(xué)與農(nóng)學(xué)論文,既能協(xié)助科研人員精準(zhǔn)檢索文獻、梳理科研思路,還能輔助處理基因測序結(jié)果,為后續(xù)甘蔗等作物的精準(zhǔn)育種提供了重要支撐。
張積森介紹,目前團隊充分利用人工智能等技術(shù),進一步優(yōu)化多倍體的遺傳分析算法,要將這幅“甜蜜地圖”描繪得更細(xì)、更準(zhǔn)。
“現(xiàn)在臨近甘蔗收獲季節(jié),你看它們長得多漂亮,又粗又直?!蹦荷珴u濃,張積森的語氣充滿了喜悅。風(fēng)吹蔗林沙沙作響,這正是“甜蜜地圖”的豐收序曲。(記者顧醒航、付瑋燁)
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